Estando ya prácticamente terminada la conquista y dada la importancia del estado incaico que había sido incorporado a la corona española, el Rey de España don Carlos I decidió elevarlo a la categoría de Virreinato, disponiendo que el "Reino del Perú" fuera gobernado por un virrey que representara a su real persona (Real Cédula dada en Barcelona el 20 de noviembre de 1542).

También dispuso por la misma Real Cádula que en la "Ciudad de los Reyes" de Lima existiera una Real Audiencia. Quedó así dispuesto que en América del Sur", la superior autoridad y representación del Rey de España estuviera en el Perú.

El primer Virrey fue don Blasco Núñez Vela, que hizo su apoteósico ingreso a Lima en mayo de 1544. Este virrey, hemos visto, era portador de unas Nuevas Leyes dadas por el Rey que limitaban el uso de las encomiendas y con ello dañaban las prerrogativas de los conquistadores, así como daban otras disposiciones en favor de la naturaleza. El Virrey propuso hacerlas cumplir violentamente suscitado la reacción de la Real Audiencia.

Al final fué la deportación del Virrey por la Audiencia. El nombre Perú deriva del nombre del cacique o lugar llamado Birú, al sur de Panamá y que fué visitado, parece que por primera vez, por Pascual de Andagoya. El nombre Perú se empezó a usar y aparece en los documentos de la conquista en 1527. La Capitulación de Toledo ya habla oficialmente del Perú.

Extensión

El Virreinato del Perú fué el único que se creó en América del Sur y abarco casi la totalidad de las posesiones españolas en este continente. Sólo quedó fuera de su jurisdicción la región de Venezuela, que dependía de la Audiencia de Santo Domingo, perteneciente al Virreinato de Nuieva España (México). Esta enorme extensión comprendía los territorios de siete Audiencias, que se fueron creando sucesivamente.

Ellas fueron: la Audiencia de Panamá (1535), la de Santa Fé de Bogotá, en el llamdo Nuevo Reino de Granada (1549); la de Quito (1563), la de Lima (1542); la de Charcas (1559); la de Chile (1609) y la de Buenos Aires (1661). Esta extensión la tuvo durante los siglos XVI y XVII y hasta la segunda década del siglo XVIII, en que comenzó a desmembrarse para dar nacimiento a nuevos virreinatos.

Gobierno en el Virreinato

Las autoridades en el mismo Virreinato eran las siguientes:

El Virrey
Era la primera autoridad en el Virreinato como representante del Rey en España. Tenía funciones políticas por que era el jefe de Gobierno colonial; judiciales, era Presidente de la Real Audiencia; militares y navales del Virreinato; económicas; por que recaudaba los impuestos y ejercía otras atribuciones.

La Real Audiencia
Era el organismo que administraba justicia en la colonia. Estaba integrado por un presidente, varios oidores o jueces nombrados por el rey así como un fiscal que defendía los intereses de la corona.

El Cabildo
Era el organismo o insitución que se ocupaba del gobierno, de las ciudades y que ha dado lugar a las municipalidades actuales. Estaba formado por dos alcaldes y varios regidores.

El Corregidor
Era el funcionario encargado del gobierno de una provincia que entonces se llamaba corregimiento. Era nombrado por el Rey por un plazo de cuatro a cinco año y debía defender a los naturales contra los abusadores encomenderos.

El Intendente
Después de la gran revolución de Túpac Amaru II ocurrida como protesta por la triste situación de los indigenas (1780) debido en gran parte a los abusos de los corregidores, Carlos III abolió los corregimientos creando las intendencias a cargo del intendente.
La Vida Comercial e Industrial en el Virreinato
El sistema económico implantado por España en sus colonias estaba basado en 4 principios:
El Exclusivismo
El Intervencionismo
El Mercantilismo
Las Industrias

La Cultura durante la Colonia

La Literatura:
Siguió las escuelas y estilo de España del Siglo de Oro ( XVI- XVII) siendo sus principales representantes los peruanos Garcilazo Inca de La Vega con sus obras " Los Comentarios Reales " y " La Florida del Inca " , luego Amarilis que redactó la " Epístola a Belardo" (Lope de Vega); el Lunarejo seudónimo de Juan espinoza; Don Pedro Peralta y Barnuevo que dominaba 8 idiomas y llego a ser rector de San Marcos.

La Pintura:
Desarrollada también bajo la influencia de la escuela europea siendo el italiano Mateo Perez que en 1558 origina una verdadera revolución.
La Escuela Cusqueña estuvo formada por Diego Quispe Tito, Basilio Pacheco en Lima Pintará Fray Francisco Bejarano, José del Pozo fueron en su mayoria motivos religiosos, en telas madera y muros.

La Arquitectura: Ubieron tres estilos:

Estilo Barroco: La Merced y San Agustín
Estilo Rococó: La casa Oquendo, La Quinta de Presa y Paseo de Aguas
Estilo Neoclásico: Altares Mayores de la Catedral y San Francisco.

La Universidad de San Marcos:
Por Real Cédula del 12 de de Mayo de 1551 se crearón el Estudio General de la Ciudad de los Reyes o Universidad de Lima, dictandose las primeras clases en el Convento de Santo Domingo (1553), otras universidades creadas San Cristobal de Huamanga y San Antonio Abad del Cuzco (1692).